微生物肥的前景非常大,复合微生物把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，是化解土壤板结现象，修复和调理土壤，改进农产品质量，均衡供应作物生长所需的速效氮、磷、钾及多种微量元素，强化土壤微生物区系，持久的发挥作用，具有显著地增产效果，并能提高作物的抗逆性，提高化学肥利用率，减少江河污染，减少病虫害发生。

农业生产是一个开放的系统，其影响因素有农药、水、空气和保存方式等很多因素。种植过程中由于农药的过量使用及农资产品质量管控不严，就会导致农产品品质下降、硝酸盐富集、重金属超标、植物生长调节剂不恰当使用等诸多问题。复合微生物肥中可以有针对性地添加功能微生物和天然矿物质来降解抗生素、钝化重金属等作用，在保证农产品产量同时提高质量。实验表明，与常规复合肥比较，使用复合微生物肥的番茄可以提前上市10~12天，固形物含量增加28.3%，硝酸盐含量降低9.4%，延缓发病10~15天，植株抗逆性增强。

根据我国土壤现状及肥使用情况，2015年国家提出化学肥的“减肥增效”行动方案。数据显示我国化学肥当季利用率为35.2%，远远低于美国的50%、欧洲的65%水平。主要是由于施肥方法和肥品种所致。复合微生物肥所含的无机营养元素、有机质、微生物在补充土壤生态系统缺失的同时，其中的微生物和腐植酸类物质能够转化土壤中被固定的盐类和减缓氮元素的释放，达到减肥增效的目的。